Vrå Valgmenighed har sine rødder dels i vækkelsesbevægelserne, der spillede en stor rolle i Vendsyssel fra midten af 1800-tallet - bl.a. med den navnkundige sognepræst Bertel Henriksen i den nærliggende Vejby, og i Højskolen, der var flyttet til Vrå i 1890 efter at være startet i Stenum.

Den egentlige anledning til dannelse af valgmenigheden var præsteskiftet i Vrå. Sognepræst Jacob A. Jacobsen var knyttet til de grundtvigske kredse og havde helt naturligt haft sin gang på Vrå Højskole. Han døde i embedet i 1899. Brede kredse i Vrå-Em pastorat anmodede da ministeriet for kirke- og undervisningsvæsenet om at få Jens Bertelsen til sognepræst. Han havde i en årrække været både kapellan og højskolelærer og var særdeles velanskrevet. Med en alder af 36 år blev anset for at være alt for ung, og ministeriet så sig ikke i stand til at forbigå den ældre Rasmus S. Hansted, der også var ansøger til stillingen.

Striden, der opstod i kølvandet på præsteudnævnelsen, handlede ikke om pastor Hansted, men om, at der ikke blev lyttet til menighedens ønsker. Overlæge Nikolaj Tuxen, Brønderslev, der blev en markant person i valgmenigheden, formulerede det således:

"Også her på egnen tror jeg, at grunden til at valgmenigheds- spørgsmålet er kommet op, ligger i, at man mere eller mindre bevidst har haft følelsen af, at det var på tide, man unddrog sig statens supremati på dette område."