Auning kirkes altertavle er fra midten af 1600-tallet og er skænket af Chresten Scheel og hustru Birgitte Rosenkrantz.

I hovedfeltets relief ses opstandelsen og himmelfarten, mens topstykkke-relieffet viser korsfæstelsen og gravlæggelsen.

De to sølvlysestager på alterbordet er fra ca. 1670. Alterkalken er fra 1673 og på foden ses Chresten Scheel og frues navne og våbenskjold.

Indvendigt er kirken udsmykket med kalkmalerier. De stammer dels fra tiden umiddelbart efter etableringen af hvælvingerne, og dels fra tiden efter reformationen. Det sidste ses klart af, at kunstneren et enkelt sted har givet sig til kende: "Rasmus Ryter maler - h. alleus 1562".

Kalkmalerierne blev på et ukendt tidspunkt tilkalket og i 1885 delvis afdækket, men overkalket igen i 1902 for endelig at blive afdækket fuldt ud i 1953 og 1955.

billedet viser udsmykningen på alterets højre side

Prædikestolen stammer fra 1636, skænket af Jørgen Scheels hustru, Jytte Brock.

I prædikestolens seks felter ses de fire evangelister, korsfæstelsen og opstandelsen.

Udsmykket med bladguld og oxyderet sølv

- SET NED GENNEM KIRKEN MOD ORGEL OG DØBEFONT

Døbefonten med tilhørende fontehimmel er fra 1736 og udført i træ.

Både font og himmel er ottekantede og placeret i tårnrummet, hvor den oprindelig har stået på et to trin højt podium omkring det stadig bevarede fontelukke.

1699 blev der indrettet gravkapel for netop Scheel-familien i en tilbygning mod nord. Her ses et epitafium for Jørgen Scheel, der døde i 1695.

Kongen havde kun tilladt enken et "tarveligt Epitaphium – med den Vilkor, at Kirken paa sin bygning ej derved tager skade".

Der er ikke noget specielt tarveligt over resultatet, der er et fint stykke barokarbejde i marmor.

I gravkapellets krypt står der i dag otte sarkofager i marmor og otte i sandsten, den sidste nedsat i 1844.